GENETIČKI LABORATORIJ osnovan je 2003. godine s ciljem provedbe analiza potrebnih za uspostavu i održavanje (zdravstvenu kontrolu) pokusnih nasada i banke gena autohtonih sorti vinove loze, maslina i drugih poljoprivrednih kultura.

Laboratorij djeluje u sklopu Zavoda za poljoprivredu i prehranu, a opremljen je osnovnom laboratorijskom opremom za molekularnu analizu biljnog materijala. Osnovna oprema između ostalog uključuje liofilizator, sustav za elektroforezu, centrifugu s hlađenjem, spektrofotometar/fluorometar, thermal cycler (PCR) s gradijentom te drugu srednju i sitnu opremu.

U Genetičkom laboratoriju obavljaju se prvenstveno analize u sklopu znanstveno-istraživačkih projekata u području biotehnologije, usmjerenih na očuvanje i zaštitu biljnih genetskih resursa te zaštitu podrijetla autohtonih proizvoda. Laboratorij trenutno aktivno sudjeluje u Nacionalnom programu očuvanja i održive uporabe biljnih genetskih izvora za hranu i poljoprivredu u Republici Hrvatskoj, u kojem Institut sudjeluje u ex situ očuvanju biljnih genetskih izvora te radom u okviru četiri radne skupine. U okviru komercijalne djelatnosti laboratorij, kao trenutno jedini u Hrvatskoj, pruža uslugu identifikacije sorte maslina (Olea europaea L.) uporabom molekularnih biljega (DNA fingerprinting). U narednom razdoblju laboratorij će nastaviti pratiti trendove u području istraživanja bioraznolikosti, s posebnim naglaskom na detekciju i praćenje genetičke raznolikosti (divljih i kultiviranih) vrsta i njihovog potencijala za prilagodbu kako bi se stvorila baza za razvoj ciljanih istraživačkih aktivnosti koje mogu rezultirati različitim preporukama i usmjerenjima za zaštitu i održavanje prirodnih i poljoprivrednih ekosustava.